To byłby dla mnie zaszczyt, gdybyś złamała mi serce.

Wielu delegatów Soboru było ziemianami bliżej związanymi z "nowymi ludźmi" w Moskwie - takimi jak Borys Godunow - niż z arystokratycznymi rodami, które także pragnęły korony i miały bardziej uzasadnione pretensje do tronu. Bojarzy w tym czasie powzięli nieudaną próbę rozwiązania problemu, zanim zebrał się Sobór. Mając świadomość, że Borys jest zbyt potężny, by można go było otwarcie pokonać, zaproponowali, że uczynią go carem, jeśli zgodzi się na ograniczenie carskich uprawnień, a więc na monarchię podobną do polskiej. Zdając sobie sprawę, że po przyjęciu tej propozycji car stałby się bez mała marionetką, Borys odmówił. 17 (27) lutego 1598 roku Sobór Ziemski zebrał się pod przewodnictwem patriarchy Hioba i, jak można było przewidzieć, wybrał Borysa Godunowa na cara Rosji. W ten sposób oficjalnie usankcjonowano to, co wielu nazywa drugim okresem jego panowania. Borys zwlekał jednak z koronacją do września 1598 roku, wykorzystując upływające miesiące na umocnienie poparcia ze strony posiadaczy ziemskich i wojska. Przygotował się również na ewentualny bunt ze strony krnąbrnych bojarów. Podczas swojego panowania Borys Godunow kontynuował oświeconą, choć chwilami okrutną politykę, którą przez ostatnie czternaście lat realizował jako zastępca Fiodora. Pod wpływem nowego cara wielu młodych i zdolnych ludzi wyjechało za granicę, m.in. do Anglii, zdobywając wykształcenie i przyswajając sobie zwyczaje krajów bardziej ucywilizowanych i rozwiniętych pod względem kulturalnym. Po kilku szczególnie nieurodzajnych latach car otworzył państwowe spichlerze i kazał rozdawać zboże potrzebującym. Wprowadził też reformy sądownictwa zmierzające do zrównania wszystkich wobec prawa. Zniósł także zapis, który uniemożliwiał chłopom swobodne przenoszenie się z miejsca na miejsce. Borys, który trzeźwo oceniał sytuację i podejmował właściwe decyzje, obawiał się, że bojarzy otrząsną się z letargu i rozpoczną przeciwko niemu groźne knowania. Dopatrując się wszędzie obecności wrogów i potencjalnych przeciwników, car utrzymywał rozległą i kosztowną siatkę szpiegów. Niemal we wszystkich bojarskich rodzinach znajdował się choćby jeden informator, hojnie opłacany przez cara. W rzeczywistości jednak większość rodów bojarskich nie stwarzała dla nowego cara większego zagrożenia. Bezustannie walczyły one między sobą i przeważnie 143 nie cieszyły się popularnością wśród ludności. Ponadto ich zamożność i wpływy zostały w znacznym stopniu uszczuplone przez opryczninę Iwana Groźnego. Rodem, którego Borys obawiał się najbardziej, byli Romanowowie. Mimo że ani oni, ani Borys nie mogli zgłaszać praw do tronu, powołując się na więzy krwi, żona jednego cara. Iwana Groźnego, a zarazem matka drugiego, Fiodora I, pochodziła z Romanowów. Z tego względu ród Romanowów miał nieco większe prawo do tronu niż Borys, który powoływał się na swoje bliskie związki ze zmarłym carem Fiodorem I. Dzięki związkom z Iwanem Groźnym Romanowowie przetrwali terror oprycz-niny lepiej niż większość możnych rodów. W czerwcu 1601 roku, działając na podstawie wątpliwego oskarżenia, jakoby zamierzali go otruć, car Borys skonfiskował dobra rodu, a jego przedstawicieli wygnał do różnych, oddalonych od siebie miejsc, łącznie z bezkresnymi pustkowiami Syberii. Syberia zresztą w ciągu następnych trzech i pół stuleci stała się ulubionym terenem zsyłek, na jaki rosyjscy władcy kierowali swoich przeciwników. Fiodor, najstarszy z klanu Romanowów, bratanek carycy Anastazji, zesłany został daleko na północ, do odosobnionego, otoczonego lasami monasteru w Archangielsku, gdzie przymuszono go do wstąpienia do zakonu i przybrania imienia Filaret. Podobny los spotkał jego żonę, a ich syn Michał umieszczony został w monasterze świętego Cyryla w Biełoozierze. W tym samym 1601 roku długotrwałe ulewne deszcze wywołały powodzie, które pochłonęły znaczną liczbę inwentarza i zboże dojrzewające na polach. Gdy na domiar złego wczesne przymrozki uniemożliwiły jesienne prace polowe i zniszczyły posiane już zboże, Rosja doświadczyła najgorszej od niepamiętnych czasów klęski głodu